Dans le jeu Fruit Doctor, en tant que spécialiste, vous irez dans le royaume magique, où différents produits biologiques côtoient des individus. Vous travaillerez dans une clinique médicale qui traite ces animaux magnifiques. Devant vous sur l'écran, vous verrez votre bureau, où le patient sera à table. Il est sujet à tout produit naturel. Pour commencer le traitement, vous devez l'analyser. Si vous rencontrez des difficultés dans le jeu, il existe une aide qui vous montrera la séquence des activités telles que des astuces. Une fois que vous les avez terminés, vous pouvez corriger votre patient et passer à un niveau de jeu supérieur.