Retournez au centre de recherche pour développer le mutagène qui a inventé le Shredder malveillant. Ce monstre, créé par un laboratoire, est protégé par divers robots qui détruisent toute personne attirée par les mutagènes. Prenez l'une des légendes et entrez à l'intérieur et essayez de collecter tout le matériel que vous venez de trouver. Il se promène dans les longs couloirs et la salle spacieuse, évitant les tirs et ramassant des pizzas pour se remplir de prospérité. Recherchez une substance et observez le temps pendant lequel vous voulez vraiment accomplir la mission. Dans Collect and Conquer, vous choisissez votre tortue ninja numéro un Teenage Mutant Ninja Turtle. Avant que l'horloge n'atteigne zéro, récupérez tous les mutagènes et exécutez un kraang qui vous interfère.