Sur un monde lointain, un conflit a éclaté entre les deux sociétés extraterrestres. Vous dans le jeu Clash Of Aliens allez avec l'un d'eux et vous commanderez l'armée. Votre armada doit rejoindre la bataille contre le groupe de navires ennemis. Vous verrez votre transport principal devant vous sur l'écran. En dessous, ce sera le tableau de bord. Avec lui vous enverrez vos pilotes se battre sur leurs bateaux. S'ils attaquent l'adversaire, ils l'effaceront et pour cela ils vous donneront des focus.